全基因組芯片掃描技術(shù)助力自閉癥研究
自閉癥又稱(chēng)孤獨癥，是一種毀滅性的神經(jīng)系統失調導致的發(fā)育障礙，這種疾病被認為是目前世界范圍內影響兒童zui嚴重的公共健康問(wèn)題之一。

對于此類(lèi)智力落后相關(guān)的復雜性疾病成因，常常需要進(jìn)行多方面多因素分析，基因組拷貝數變異（copy number variations, CNVs）就是其中的致病原因之一?；蚪M拷貝數變異CNVs是指染色體某段區域發(fā)生的重復（duplication）或者缺失，它與點(diǎn)突變（point mutation）的區別是前者是基因組某一段區域發(fā)生重復或缺失，而后者是基因組某一個(gè)位點(diǎn)發(fā)生變異。

染色體基因芯片分析（Chromosomal Microarray Analysis，CMA）能在全基因組范圍內同時(shí)檢測很多種因染色體拷貝數變異而導致的疾病，因為其通量大，分辨率高，技術(shù)平臺日益成熟，目前染色體基因芯片已經(jīng)逐步應用于多種疾病的臨床診斷和研究。

來(lái)自上海兒童醫學(xué)中心等處的研究人員收集了多例臨床表現為多發(fā)畸形/不明原因智力落后患者臨床表型的樣品，進(jìn)行高分辨全基因組芯片 （Affymetrix CytoScanHD）檢測，嘗試揭示這類(lèi)疾病的致病原因，對疾病進(jìn)行基因診斷，并詳細描述了基因芯片原始數據分析過(guò)程，用以規范芯片數據分析流程。

首先研究人員收集了多發(fā)畸形（是指至少兩個(gè)系統受累，常規染色體核型分析排除常見(jiàn)的三體綜合癥），以及不明原因智力落后（患者體檢和智力測定顯示明顯落后于同年齡同性別正常小孩）的患者樣品，通過(guò)外周血常規染色體核型分析，排除常規染色體核型異常樣品，然后抽取基因組DNA，利用Affymetrix CytoScanHD進(jìn)行染色體基因組芯片分析，芯片產(chǎn)生的Cel原始數據用CHAS軟件轉換成CYCHP文件，zui后根據一系列工作流程解釋于臨床。對于新發(fā)區域拷貝數變異，檢測患者父母的樣本以判定該變異是新生（de novo）變異還是遺傳變異。

Affymetrix Genechip Scaner產(chǎn)生的原始數據Cel文件，經(jīng)過(guò)Affymetrix自帶軟件AGCC（Affymetrix GeneChip Convert Console）將Cel文件轉換成Cychp文件，Cychp文件用Affymetrix自帶軟件CHAS（Chromosome Analysis Suite）分析。通過(guò)和各種數據庫結合，每個(gè)患者CNV的性質(zhì)根據一系列完整的流程zui終分成四類(lèi)：臨床致病性CNV（Variation of clinic significance, VCS）、臨床可能致病性（Variation of possible significance, VPS）、不能解釋?zhuān)╒ariation of unknown,VUS）以及良性CNV（Benign CNV）。

研究人員在31.5%的患者樣品中檢測出了染色體的異常，其中發(fā)生異常改變zui多的是7號和17號染色體。這項研究表明基因組拷貝數變異是多發(fā)畸形和/或不明原因智力落后患者的主要致病原因之一，利用CytoScanHD芯片檢測患有此類(lèi)疾病患者的基因變異，陽(yáng)性率顯著(zhù)高于常規染色體核型分析。

以往經(jīng)典地針對多發(fā)畸形和智力落后患者的檢測手段主要是細胞遺傳學(xué)的方式。細胞遺傳學(xué)主要研究染色體畸變與遺傳病的關(guān)系，對于遺傳咨詢(xún)和產(chǎn)前診斷具有重要意義。目前主要的研究方法有: 1.染色體核型分析;2. FISH（fluorescence in situ hybridization）技術(shù);3.基因組芯片雜交。

其中基因組芯片雜交技術(shù)是FISH技術(shù)的一大延伸與重大飛躍，它通過(guò)單一的一次雜交，可對某一樣本整個(gè)基因組的染色體拷貝數量的變化進(jìn)行檢查。

根據其原理有兩種類(lèi)型芯片：一種是比較基因組芯片（comparative genomic in situ,CGH），其基本原理是用不同的熒光染料通過(guò)缺口平移法分別標記患者樣本和正常樣本的DNA制成探針，并與正常樣本染色體進(jìn)行共雜交，以在染色體上顯示的患者與正常對照的熒光強度的不同來(lái)反映整個(gè)患者基因組DNA表達狀況的變化，再借助于圖像分析技術(shù)可對染色體拷貝數量的變化進(jìn)行定量研究,此類(lèi)技術(shù)以Agilent和Nimblegen為代表;另外一種是基因分型陣列芯片（Genotyping array），其根本原理是不需要正常對照，它是根據自身相互間SNP位點(diǎn)對比，zui后和Hapmap數據庫正常人對比。此類(lèi)技術(shù)以Affymetrix和Illumina為代表。

基因芯片作為細胞遺傳學(xué)檢測手段中的一種，有相對以往經(jīng)典的遺傳學(xué)檢測*的優(yōu)勢：①能在全基因組范圍內同時(shí)檢測很多種因染色體失衡而導致的疾病;②能同時(shí)檢測到染色體的缺失（deletion）和增加（duplication），并能準確地測定其大小;③能檢測到≥10%水平的嵌合體;④分辨率高，相比傳統核型分析高出近千倍。染色體基因芯片分析檢測平臺及技術(shù)日益成熟，已經(jīng)逐步應用于多種疾病的臨床診斷和研究，為分子診斷平臺的完善提供了重要的。

2010年，美國醫學(xué)遺傳協(xié)會(huì )公布指南，將基因芯片作為不明原因智力落后，多發(fā)畸形不是明確的綜合征，孤獨癥，發(fā)育遲緩的一線(xiàn)檢測技術(shù)，而不再是傳統的G顯帶染色體分辨技術(shù)。從這項研究來(lái)看，CytoScanHD芯片檢測的陽(yáng)性率也比常規染色體核型分析的陽(yáng)性率高一個(gè)數量等級，Fisher's檢驗有明顯的統計學(xué)意義（p=0.001）。

不過(guò)研究人員也指出，傳統核型分析也有它的優(yōu)勢，基因芯片不能檢測平衡易位，也不能檢測倒置，也不能檢測點(diǎn)突變，同時(shí)還會(huì )檢測出很多意義不明的拷貝數變異。而傳統的核型分析可以檢測平衡易位和倒置。所以也不能*摒棄傳統的染色體常規檢測。

目前研究發(fā)現某些疾病與點(diǎn)突變有關(guān)，如很多單基因疾病;而有些疾病與基因組拷貝數的變化有關(guān)，比如一些三體綜合癥、1q21微缺失綜合征以及Miller-Dieker綜合征等;更多情況下很多復雜性疾病由點(diǎn)突變和拷貝數變異共同組成其致病原因，如孤獨癥，先天性心臟病等。

總而言之，將CMA技術(shù)應用于臨床診斷為先天性多發(fā)畸形和智力落后的患者，將會(huì )大大提高分子遺傳學(xué)方法對這些疾病患者的診斷效率，為患者的病因解釋、個(gè)體化診療和遺傳咨詢(xún)等方面給予極大的幫助。